福建医科大学研究生院（Fujian Medical University Graduate School）是福建医科大学的二级学院，于2003年成立，前身为省部共建研究生部。学院包括临床医学研究生部、公共卫生研究生部、中药学研究生部、生物医学工程研究生部和护理学研究生部。
学院拥有全职教师227人，其中博士生导师58人、硕士生导师149人。获得国家杰出青年基金、国家优秀青年科学基金、教育部新世纪优秀人才支持计划等多种国家级科研项目和荣誉。
学院实行研究生导师负责制，严格按照学科方向审批研究生招生计划。学院优势学科有肝脏移植与肝衰竭救治、肺癌与呼吸系统疾病等。学院有大量的合作交流计划，已与泰国曼谷大学、美国University of Texas MD Anderson Cancer Center等国内外众多著名高校合作建立了长期合作关系。
